メインストーリー第一部

０１　ぼうけんのはじまり編

メルクの正体を探るため、旅に出た主人公とメルク。癒術士のエルトから聞いた手がかりである学者のアイオスを尋ねる道中で大癒術士・ヒイロやライバル癒術士・ラーテルと出会い、またトトというモンスターやフィーリア、アレク、ステラ、シエットという仲間を得た。そして遺跡で遭遇した謎の男・エリアスは、どうやらメルクのことを知っているようだった。

０２　商業都市編

エストアの村にたどり着いた主人公たちだったが、アイオスは学問都市に行ったきり行方不明だという。手がかりを失った主人公たちは、かつてメルクを主人公の父に売ったという商人を尋ねて、商業都市へと向かった。そしてメルクはある若者から商人に渡されたことと霧降の地という場所で発見されたことを知るのだった。

０３　ロガト編

霧降の地に入るための癒術士の大会に共に出てくれる癒術士が必要となった主人公たち。その矢先、訪れた村でラーテルと再会する。村に襲い来るモンスターたちを協力して癒した後、主人公はラーテルが癒術士を目指した理由とラーテルもまた大会へ出るつもりだということを知る。

０４　センオン編

ラーテルと大会の会場で落ち合うことを約束して別れた一行は、センオンの地に到着した。そこで領主の娘・ユイリアからモンスター恐怖症を克服したいと相談を持ちかけられ、主人公たちはセンオンの特産品・紅温石とその地に眠るマグナガルダにまつわる事件に関わることに。騒動は一件落着したかに思えたが、主人公の心には少し翳りが見え始めていた。

０５　クロスト編

大会の会場であるクロストの地へやってきた一行。そこはモンスターに警戒と敵意を抱く壁の町だった。ラーテルとエルトに再会し、主人公たちは大会へと臨む。しかし、大会中に壁の向こうからモンスターたちが襲ってくるという予期せぬ事態が起き、主人公たちは協力してクロストの町を守ることに。また、そうしたクロストでの日々の中で、主人公は己の悩みに対してひとつの覚悟をしたのだった。

０６　霧降の遺跡編

大会で調査隊に選ばれた主人公たちは合流したヒイロと共に、霧降の地へと足を踏み入れる。そこで見つけたものは謎の地下遺跡となにかの荷物を背負ったエリアスの姿だった。しかし、エリアスから答えを聞き出すことはできず、さらに巨大なモンスターに襲われることに。霧の原因でもあったそのモンスター・ミストロールはどうやら遺跡を守っているようだった。

０７　観光都市編

エリアスの目撃情報を頼りに観光都市へやってきた主人公たち。しかし、メルクはエリアスの友人・イライアスに、主人公はイライアスの妹であるクリスティアに誘拐されてしまう。クリスティアに付き従うノクターンの力で夢の世界に囚われた主人公は、メルクとの出会いや帰ってこない父との思い出を蘇らせる。一方でメルクはエリアスから己の秘密の一片を知らされ、また、ひとりで動くこともできない己の無力さに悩みを抱いていた。

０８　学問都市編

再びエリアスに逃げられてしまった主人公たちは、遺跡に手がかりを求めて霧降の地に戻ることに。その手段として学問都市のモンスター便を用いることにしたものの、学問都市では人間を親と思い込んだ子どもドラゴンをめぐって悲しい争いが起きようとしていた。さらにアレッツと名乗る謎の男から、モンスターはどこからか伝えられる激情によって人間を襲っているのだと聞かされることになる。

０９　リスタント編

モンスター便での空の旅の途中、嵐に行き会い、リスタントの地に着陸することになった主人公たち。その地には虹灰と呼ばれる不思議な灰が積もり、地下の遺跡には鳥の壁画が残されていた。そして心の音が聞こえるというジョン（偽名）を名乗る男性から、モンスターは心を物質として扱える能力を持った存在であり、ティンクルシードは人間との交わりで広がった心の結晶であると知らされる。

１０　エンデ編

霧降の遺跡からエンデの地へとエリアスを追った一行は、古の皇帝が癒術の原型・心術でモンスターを操ろうとして失敗したためにモンスターは人間を襲うようになったこと、皇帝の息子だったエリアスの目的はモンスターの始祖・フェニシャルルを癒すことであったと知る。そしてメルクは己がエリアスの姉・カラコチリアとフェニシャルルの心が合わさった存在だと気づき、主人公と共にフェニシャルルを癒す。

• エノ地方　（4～23）
• イールス地方　（24～43）
• エヴィフ地方　（44～63）
• トキエ群落　（64～83）
• まよなか渓谷　（84～103）
• サザナ地方　（104～123）
• スニノ地方　（124～143）
• クルソ地方　（144～163）
• ゴトバ地方　（164～183）
• ロガト山地　（184～203）
• シュクル地方　（204～223）
• センオン山地　（224～243）　
• センオン地方　（244～263）
• センオン山　（264～283）
• センオン湖　（284～303）
• クロスト大森林　（304～323）
• クロスト地方　（324～343）
• クロスト壁外　（344～363）
• 霧降の地　（364～383）
• 霧降の遺跡　（384～403）
• 霧降の遺跡・奥　（404～423）
• 観光都市　（424～443）
• 観光都市・ステージ　（444～463）
• 学問都市　（464～483）
• 星見湖　（484～503）
• リスタント山地　（504～523）
• リスタント遺跡　（524～543）
• エンデ地方　（544～562）